NOVICE

Fugaku – Najmočnejši superračunalnik na svetu z zmogljivostjo 0.54 exaFLOPS

30.06.2020


Z mesecem junijem se je uradno predstavil najmočnejši HPC. Njegova zmogljivost pa je 2x večja kot pri prejšnjem vodilnem superračunalniku. Z delovanjem pa naj bi pričel v letu 2021.

Povezave do člankov:

Julian Horsey, Fugaku Supercomputer delivered to Riken scientific research institute of Japan. Dostopno na: https://www.geeky-gadgets.com/fugaku-supercomputer-14-05-2020/ [30.6.2020]

Prototipni superračunalnik Univerze v Mariboru pomaga pri iskanju zdravila za COVID-19

10.04.2020


V okviru svetovnega projekta Folding@home (F@H), v katerega je vključena tudi Univerza v Mariboru, raziskovalci proučujejo oblikovanje proteinov ter njihov vpliv na razne bolezni z uporabo najnaprednejših simulacijskih modelov in računskih tehnik porazdeljenega računalništva. Vse od izbruha pandemije novega koronavirusa SARS-CoV-2, ki povzroča bolezen COVID-19, poteka še posebej intenzivno iskanje protiteles za zdravljenje tega virusnega obolenja. V te napore je s svojo infrastrukturo vključeno tudi Slovensko nacionalno superračunalniško omrežje (SLING). Poleg superračunalnikov na Inštitutu Jožef Štefan in ARNES je bistven tudi prispevek superračunalnikov konzorcija HPC RIVR na Fakulteti za informacijske znanosti v Novem mestu ter Univerzi v Mariboru, kjer največji javni prototipni superračunalnik HPC Maister k projektu prispeva kar 3.000 računskih jeder. SLING je med dva tisoč najaktivnejšimi skupinami izmed skupno 250.000 trenutno sodelujočih v projektu, ki skupaj zagotavljajo na okoli milijon povezanih računalnikih skupno računsko zmogljivost okoli 1,2 exaflopsa ali 1,2 milijarde milijard računskih operacij na sekundo. Rezultati računalniških simulacij pomagajo znanstvenikom bolje razumeti obnašanje različnih oblik proteinov in s tem omogočajo hitrejše določanje njihove potrebne specifične oblike za uspešno zdravljenje številnih bolezni. V tem času še posebej pri iskanju protiteles za zdravljenje virusnega obolenja COVID-19.

Kaj so proteini?

Proteini so dolge verige aminokislin, ki določajo biodinamiko živih bitij. Kot protitelesa prepoznajo invazivne elemente in imunskemu sistemu omogočijo, da se jih znebi. Da pa lahko opravijo to funkcijo, morajo zavzeti določeno obliko. V naravi to poteka samodejno v določenem časovnem obdobju, pri čemer pa uspeh ni vedno zagotovljen. Z razumevanjem oblikovanja proteinov pa lahko ta postopek v laboratorijih bistveno pohitrimo in zagotovimo njegovo uspešnost. V zadnjih desetletjih v te namene uporabljamo zahtevne matematične modele in računalniške simulacije, s katerimi napovedujemo delovanje različnih oblik proteinov. Pri tem je potrebno računsko preizkusiti veliko število različnih oblik proteinskih verig in njihovih variacij, za kar je potrebna velika računska moč. Projekt Folding@home omogoča, da se to opravilo deli med številnimi razpoložljivimi računalniki različne konfiguracije po svetu, ki so povezani v računalniško omrežje

“Izjemno smo veseli, da lahko z razpoložljivo superračunalniško infrastrukturo v okvirju konzorcija HPC RIVR in SLING pomembno prispevamo k skupnim naporom svetovne raziskovalne skupnosti pri iskanju učinkovitega zdravila za zdravljenje virusnega obolenja COVID-19”, pravi vodja projekta HPC RIVR, prof. dr. Zoran Ren, prorektor za raziskovalno dejavnost na Univerzi v Mariboru. “Verjamemo, da bomo z združeno uporabo svetovnih superračunalniških zmogljivosti za izvajanje zahtevnih računalniških simulacij bistveno prispevali k hitrejšemu iskanju učinkovitih zdravil tako za COVID-19 kot tudi za druga obolenja, ki jih lahko zdravimo s proteinskimi protitelesi.”

Vir: The crystal structure of COVID-19 main protease in complex with an inhibitor N3 (WWPDB)

Izobraževanje za uporabnike HPC RIVR

14.02.2020


Vabimo vas k ogledu navodil:

HPC RIVR v medijih

10.12.2019


Vabimo vas k ogledu prispevkov v medijih:

Prispevek na portalu RTV SLO
Prispevek na portalu 24ur.com
Intervju v časniku Večer

Slavnostni zagon prototipnega superračunalnika

27.11.2019


Na Univerzi v Mariboru so s simbolnim pritiskom na gumb slavnostno zagnali prototipni superračunalnik, ki je bil zgrajen v okviru projekta “Nadgradnja nacionalnih raziskovalnih infrastruktur – HPC RIVR”. Slovesnosti so se udeležili predsednik Vlade Republike Slovenije Marjan Šarec, minister za gospodarski razvoj in tehnologijo Zdravko Počivalšek in državni sekretar na Ministrstvu za izobraževanje, znanost in šport dr. Jernej Štromajer.

Podpis pogodbe EuroHPC Joint Undertaking

26.11.2019


Podpis pogodbe EuroHPC Joint Undertaking v Strasburgu med European High Performance Computing Joint Undertaking (EuroHPC JU) in osmimi mesti, kjer bodo locirani prvi super računalniki:

  • Barcelona Supercomputing Centre, Španija
  • CSC – IT Center for Science, Finska
  • CINECA, Italija
  • Sofiatech, Bolgarija
  • IT4Innovations National Supercomputing Center, Češka republika
  • Luxprovide, Luksemburg
  • Minho Advanced Computing Centre, Portugalska
  • IZUM, Slovenija

EUROHPC VEGA Supercomputer

24. 9. 2019


Institut informacijskih znanosti je dne 18. 9. 2019 na portal EU za javna naročila TED objavil predhodno informativno obvestilo za javno naročilo “EUROHPC VEGA Supercomputer” – 2019/S 183-445016

Dodatna dokumentacija je na voljo zainteresiranim gospodarskim subjektom:
Tloris razporeditve opreme RIVR 1: 102 rivr1
Tloris razporeditve opreme RIVR 2: 103 rivr2
Opis infrastrukture: Opis infrastruktura HPC RIVR-2_lekt

Superračunalnik na IZUM-u nastaja #2

9. 9. 2019


Dopolnjena tehnološka oprema v sistemskih prostorih HPC RIVR1 in HPC RIVR2 na IZUM.

Superračunalnik na IZUM-u nastaja

14. 6. 2019


Montaža tehnološke opreme za projekt HPC RIVR v sistemskem prostoru HPC RIVR1 in montaža 500 kW hladilnega agregata.

Simpozij ob razglasitvi sodelovanja Slovenije v EuroHPC

10. 6. 2019


V ponedeljek, 10. junija 2019, je v prostorih Hiše Evropske unije Predstavništva Evropske komisije v Sloveniji v Ljubljani potekal simpozij ob slovesni razglasitvi pomembnega slovenskega sodelovanja v vseevropski superračunalniški povezavi EuroHPC Joint Undertaking s pridobitvijo sofinanciranja vzpostavitve enega od petih vzorčnih peta-scale HPC sistemov v Evropi. Več informacij na povezavi: http://primeurmagazine.com/flash/AE-PF-06-19-2.html.
Ob razglasitvi so udeležence nagovorili minister dr. Jernej Pikalo ter predstavnika Evropske unije dr. Zoran Stančič in g. Khalil Rouhana, namestnik generalnega direktorja na Generalnemu direktoratu za komunikacijska omrežja, vsebine in tehnologijo. Pozdravnim govorom je sledila predstavitev projekta HPC RIVR (dr. Zoran Ren). V nadaljevanju so predstavili pomen uporabe superračunalniške infrastrukture v slovenski in svetovni znanosti dr. Janez Povh (ULJ FS), dr. Milan Ojsteršek (UM) , Tomi Ilijaš (Arctur), dr. Jan Jona Javoršek (SLING), dr. Aleš Maver (ULJ MF), dr. Jernej Stare (KI), dr. Sašo Džerovski (IJS), dr. Andrej Filipčič (IJS).Montaža tehnološke opreme za projekt HPC RIVR v sistemskem prostoru HPC RIVR1 in montaža 500 kW hladilnega agregata.

Nameščanje hladilnih naprav na IZUM-u

31. 5. 2019


V okviru projekta HPC RIVR je bil izveden transport hladilnih naprav na streho IZUM-ove poslovne zgradbe.

Zamenjava transformatorske postaje IZUM za potrebe HPC RIVR

27. 5. 2019


V sklopu izvedbe javnega naročila »Izvedba oskrbne infrastrukture obstoječega računalniškega centra za potrebe HPC-RIVR«, ki ga izvaja NTR inženiring je bila od 25. do 26.5.2019 izvedena zamenjava transformatorske postaje IZUM in s tem možnost povečanja priključne moči iz 630 kVA na 1.600 kVA. Dela so se izvajala na srednje napetostnem bloku, zamenjavi transformatorja in nizkonapetostne stikalne plošče (glej fotografije). V času izvedbe del sta računalniški center in zgradba IZUM delovala nemoteno. Vse naprave delujejo v skladu s pričakovanji. V naslednjih treh tednih sledi še instalacija naprav za hlajenje, dieselskega agregata, naprav za neprekinjeno napajanje in sistemskih omar.

Dobava HPC RIVR superračunalniškega zabojnika

21. 5. 2019


V skladu s pogodbo je podjetje NTR INŽENIRING d.o.o. 20. 5. 2019 dobavilo in namestilo HPC RIVR superračunalniški zabojnik. V namenskem zabojniku, ki je nameščen v neposredni bližini Tehniških fakultet Univerze v Mariboru, bo vzpostavljen prototipni HPC RIVR @ UM za namen razvoja in testiranja sistemskih in programskih rešitev za osnovno vozlišče oz. primarni HPC RIVR @ IZUM.

Example One CILJI Sodelovanje v
mednarodnih projektih
Podatkovno skladišče za
slovensko R&I dejavnost
Nadgradnja obstoječih
HPC zmogljivosti
Mreža HPC
partnerjev
Razvoj znanj,
virov in kadrov
Infrastruktura za odprte
raziskovalne podatke
(Open Research Data)
Vključitev v mednarodna združenja PRACE
Partnership for Advanced
Computing in Europe
EuroHPC
Joint Undertaking
EGI
European Grid
Infrastructure
ESFRI
European Strategy
Forum on Research
Infrastructures